Giống như các phiên bản tiền nhiệm, Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 4 sở hữu một lối chơi dồn dập với nhịp độ nhanh cùng nhiều yếu tố bất ngờ. Các trận đấu trong game sẽ bao gồm những màn thi triển nhẫn thuật đa dạng và đầy mãn nhãn của các nhân vật trên sân đấu.

Với việc bao gồm hầu hết các nhân vật trong thế giới nhẫn giả của Naruto, Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 4 là phiên bản sở hữu nhiều nhân vật cho người chơi lựa chọn nhất từ trước tới nay. Với hơn 120 nhân vật khác nhau, người chơi sẽ thỏa sức lựa chọn để tạo ra những cặp đấu khác biệt.
 

Đồ họa trong game được nâng cấp với nhiều hiệu ứng đồ họa mới mẻ, mang đến những trận đấu ác liệt, dữ dội và mãn nhãn hơn. Các nhẫn thuật nay còn có thể tạo ra các hiệu ứng lên trang phục của nhân vật phụ thuộc vào hệ của mình. Chẳng hạn như thi triển thuật Hỏa độn có thể khiến quần áo của đối phương bốc cháy và thanh máu sẽ giảm dần theo thời gian. Trong các trận đấu tổ đội, người chơi còn có thể mang theo mình hai nhân vật hỗ trợ. Do chiêu thức hỗ trợ của mỗi nhân vật là khác nhau, lựa chọn cặp đôi hỗ trợ hợp lý với cách đánh của bạn sẽ là một điểm cần lưu tâm
 

Tiếp thu ý kiến từ những phản hồi của người chơi trung thành với dòng game, CyberConnect2 mang đến nhiều cơ chế đầy mới mẻ, cũng như cải tiến thú vị trong Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 4. Nếu ở các phiên bản trước, người chơi chỉ có khả năng điều khiển một nhân vật duy nhất xuyên suốt trận đấu thì nay, game cho phép người chơi thay đổi nhân vật chính với đồng đội hỗ trợ, giúp người chơi có thể tạo ra nhiều chuỗi combo dài hơi và đa dạng hơn. Một thay đổi quan trọng nữa nằm ở việc loại bỏ cơ chế bật/tắt Awakening Mode ngay tức thì, từ đó gián tiếp cân bằng lại những nhân vật quá mạnh trong phiên bản trước như Ten Ten hay Hinata.
 

Cơ chế Armor Break là một luồng gió mới mang đến sự thú vị và bất ngờ trong các trận đấu. Khi người chơi tấn công liên hoàn địch thủ, áo giáp của đối phương có thể bị phá vỡ, từ đó làm giảm chỉ số phòng thủ, giúp người chơi gây được sát thương lớn hơn. Tuy nhiên, Armor Break lại là một cơ chế hai lưỡi khi làm tăng chỉ số tấn công của đối phương. Người chơi sẽ cần phải cẩn thận trọng hơn nếu không muốn nhận sát thương lớn đến từ chuỗi “combo” hay Ultimate Jutsu. Ngoài ra, game còn mang đến nhiều sửa đổi nhỏ nhưng quan trọng cho các cơ chế cũ như Guard Break hay Counterattack, từ đó giúp game cân bằng hơn.